二輪の免許を持っていれば、四輪の学科試験が免除になると聞きました。質問

二輪の免許を持っていれば、四輪の学科試験が免除になると聞きました。
質問ですが、
「自動二輪小型限定ＡＴ限定」の免許が欲しいのですが、
これをとった後に
「普通免許」（限定なし）を取得する場合にも学科試験は免除になりますか？
小型限定じゃ免除にならない
とか
二輪がＡＴ限定免許だったら四輪もＡＴ限定じゃないと免除にならない
とかありますか？

学科試験の問題は、基本的に「一種」と「二種」の二つです。原付・小特は「一種」の学科試験の仲間ですが、内容が限られているので、原付を持っているからといって、普通車や自動二輪の学科試験が免除になったりしません。
自動二輪と普通車は、出題内容が同じなので、どちらか一方をもっていれば、もう片方の試験の際には、「学科」試験は免除になります。

ATとMTの違いは基本クラッチ操作があるかどうかであり、学科はATもMTも共通です。
ですからATだからMTだと学科も受けなおしなんてことはありません。

小型限定自動二輪AT免許を保有していれば、普通免許取得時の学科試験は全て免除になります。
小型限定免許は学科教習26時限を受けて、最後の本試験である学科試験を受けて合格で取得となります。普通免許で習う学科教習と試験と全く同じ内容になりますので、普通免許を取得するときに学科試験は免除になります。
普通免許取得時は、シュミレーターを使う学科教習が2時限あるのみです。

自動二輪小型限定ＡＴ限定免許も自動二輪免許ですから、他の一種免許を取得する場合には学科免除になりますし、免除への条件もありません。

小型限定も大型自動車もATも学科試験はすべて共通です。
小型特殊免許、原付免許、小型特殊と原付以外の一種免許、二種免許
と4種類しかありません。
共通のものは一回合格すれば、ほかの時は必要ありません。