免許について。２年間無違反後、スピード違反で１点加点されましたその後

免許について。２年間無違反後、スピード違反で１点加点されました
その後の3ヶ月無違反特例のあるじゃないですか？あれって90日って意味ですか？
3月3日に違反したとしたら6月4日なった時点が３ヶ月たったって意味ですか？ その辺教えて下さい

交通違反の規則で、過去2年間無事故・無違反の人が3点以下の軽微な違反をして、その後に3ヶ月間繰り返して違反をしなければ0点になります。
90日ではなく3ヶ月になりますので、3月3日に違反をしたとしたら6月4日の午前0時に0点になります。したがって、過去2年間無事故・無違反ならば3ヶ月後にスピード違反の1点は0点になります。

今の例だと、６月２日で、消えることになります。
６月２日以前に違反があった場合、その日から１年後になります。

道路行政で使われる期日表記は、日にちで表している物は日にちで、月で表す場合は日数ではなくて月単位で考えます。
つまり一月と言ったら、翌月の同日までで翌日は過ぎた日となります。
ご質問の後者が正解ですね。

30日単位は免停の基準単位であり、違反の基準単位ではありませんよ。
3ヶ月は3ヶ月・90日ではありません。
※90日では無く、3ヶ月となってる事の意味を考えればわかります。

免許に関する処分は、「30日」といった日数を基準に考えられます。（http://rules.rjq.jp/tensu.htmlをご参照ください）
そのため、３月３日に違反した場合、90日後となると、６月１日には期間満了となります。