青色のマーカーを車体下に付けていますが、スモール連動にしています。これ

青色のマーカーを車体下に付けていますが、スモール連動にしています。
これは車検に通りますか？
その他灯火のつもりですが、スモール連動だと車幅灯扱いになって通らないと言われて不安になりました
グリルやヘッドライト周りでなく車体下ですが、これでも車幅灯になるのですか？

なりませんよ

法律上は「その他灯火類」が車幅灯連動でも問題ないでしょう.
実は, 自動車メーカーの純正アクセサリー(ディーラーオプション)にも「車幅灯連動のLEDイルミネーション」はあります.
これ(添付画像)はホンダのものですが, 当然車検にとおります.