原付で30キロ超過の違反をした場合、普通車の仮免許が取り消しになるらしいですが

原付で30キロ超過の違反をした場合、普通車の仮免許が取り消しになるらしいですが、原付が免停になるので仮免許も停止状態になるだけではないでしょうか？

いいえ、普通仮免許だけでなく、現に受けている免許で運転できる車種を運転中に、質問にあるような違反があった場合も仮免許の取消処分の対象です。
「仮免許を受けたもの」が交通事故で人を死傷させたり、酒気帯び運転や30キロ以上の速度超過などの違反行為をすると、仮免許の取消処分の対象となるのですが、路上練習や教習中に限るという規定はどこにもなく、現に受けている免許での違反行為であっても対象となります。
もともとこの取消処分に欠格期間はありませんので、教習中に仮免許の取消処分を受けた場合には、技能3時限、学科1時限以上の補充教習を受講したのち、修了検定と仮免学科試験に再度合格することで、仮免許の再取得をして、引き続き教習を続けることができます。
なお、原付免許が停止処分を受けている状態でも、仮免許の効力は有効ですから、路上での運転練習は可能です。
ただし、停止期間中に仮免許での違反行為があると、処分期間が経過しても処分を満了したとはみなされず、点数が合算されての再処分となるので注意が必要です。