普通自動車MTの免許をとりたいんですが、今、自動二輪の免許だけ

普通自動車MTの免許をとりたいんですが、
今、自動二輪の免許だけもってます。
教習所を卒業したら免許の交付の手続きは、
書き換えになるんですか？

その通りです。前の免許証と仮免許証 引き換えになります。

併記という手続きになります。

普通二輪免許保有での普通免許取得は学科試験は免除になります。
教習所の修了検定に合格して卒業したあとは、免許センターで併記をすれば免許取得となります。併記作業は、適性試験と写真撮影のみとなります。
併記手続きは試験業務が行われている平日の月曜～金曜のみになります。

そうです。
書き換えしないと乗れません。