本免許学科試験について質問です。本免許学科試験にもし不合格になった場合、

本免許学科試験について質問です。
本免許学科試験にもし不合格になった場合、また受験料払えば受けることができるんですか？

また、その場合教習所の卒業証明書はどうなるんですか？
一回目落ちたときに返してくれるんですか？

卒業証明書の有効期限内（卒業から１年間）であれば、何度でも受けることができます。書類は返却されるものがありますので、不合格の時でも書類を受け取ってから帰宅です。