先日、スピード違反にて免停になりました。その時に警察に免許証を預けており、

先日、スピード違反にて免停になりました。その時に警察に免許証を預けており、赤切符を持っています。
最近、免停通知が届いて裁判所出頭日より免許センター出頭日の方が早いことが分かりました。免許センター出頭の時に免許証持参となっているのですが、その時には手元に免許証はありません。これは免許センター出頭日を裁判所出頭日より後にしてもらわないといけないのでしょうか？赤切符では講習は受けれないのでしょうか？

赤切符のスピード違反で警察に捕まって免許証を没収されて赤切符を渡されたということは、貴方が違反したのは県内の違反になります。県外の違反では免許証は没収されません。
赤切符が免許証の役割を果たすことになり、刑事処分より行政処分の方が早くなったのならば、免許センターに出頭時に赤切符を持参してください。
受付で事情を説明すれば免許証を預けなくても免停は開始となり免停講習も受けることができます。このようなケースは免許センターの係員は慣れていますので大丈夫です。
免許証は刑事処分である裁判所に出頭したさいに検事から返却されるはずです。免許センターで行政処分を受けたさいに、裁判所から免許証が戻ってきたら再度持参してください、と言われれば免許センターに免許証を持っていかなくてはなりません。
免許センターで何も言われずに免停が終了したのならば、そのまま返却されて車の運転ができます。
免許証を返却されたときには、まだ免停中(免停30日で講習を受けない、免停90日)ならば必然的に免許センターに免許証を預けに行かなくてはなりません。

行政処分出頭通知書に「免許証が手元にない（検察庁出頭予定等）ときは、免許証の返還を受けてからおいでください」や「先に検察庁に出頭し日を変えて運転免許証を持っておいでください」などと記載されていませんでしたか？
警視庁（東京都）の場合にはこのようにわかりやすく記載されているのですが・・・
免許停止処分を受けるには免許証が必ず必要となり、赤切符（保管証）で処分を受けることはできません。
質問者さんがお考えのように、停止処分の出頭日を変更してもらい、検察庁で免許証を返還してもらってから処分を受けに行ってください。
出頭日の変更は電話で簡単にできますし、要は停止処分者講習の実施日にあわせて出頭するだけのことです。

その“赤切符”が免許証の代わりをするものです。
裁判所は、刑事処分の量刑を決める場所ですから、とりあえず免許証や赤切符は関わりありません。簡易裁判所の略式裁判で、即日結審し、罰金を払って処分完了です。
運転免許センターには、その赤切符を持っていけばいいでしょう。もうあなたの免許証は、免許センターに移動されていると思います。
そして、停止期間がたぶん30日でしょう。所定の日に「運転免許停止処分者講習（短期）」を受けて、停止期間が1日になれば、講習終了後に免許証が返還されます。
ただし、講習で停止期間が1日になったとしても、あくまでもこの日は、停止期間です。この日は（0時から24時まで）運転はできません。
特に、試験センターからの帰りに、運転して帰るのはやめましょう。捕まる可能性があります。となれば、「無免許運転」で取消処分に発展します。