原付免許の初心者期間中に違反点3点を超えてしまいましたが、講習と再試

原付免許の初心者期間中に違反点3点を超えてしまいましたが、講習と再試験にはいきませんでした。そして一年ほどたち、先日、尾灯がついてないとのことで警察の方に止められた際、手配されているよ。と言われ免許を
保管されてしまいました。そして、保管証・出頭命令書(黄色い紙)をもらいました。現在普通免許の教習に通っており、もうすぐ卒業検定になります。 警察の方には普通免許には影響しないと言われましたが、教習所の方には、教習所を卒業することに影響はないが、交付してくれるかどうかはわからない。と言われました。 初心者期間中の違反ですので欠陥期間はないはずです。この際、普通免許の試験に合格しても免許保留などになってしまうのでしょうか？補足出頭の時の行政処分はなにをするのですか？無免許運転の罰則になるのでしょうか？

~普通免許の取得は問題ありません。
これは、意見の聴取で原付免許の取消処分が決定しているのにもかかわらず、処分を受けるための出頭をしていないための措置です。
長期未出頭で処分手配がかかっていると、違反時や検問の際に今回のように免許証が保管されて出頭命令を受けることがありますが、結構レアなケースです。
ただし、未出頭で処分を受けてはおらず、自動的に免許が取消になることはありませんので、取締りを受けた際も免許の効力は有効で、無免許運転にはあたりません。
深刻な問題ではありませんから、その点は心配されなくてもいいです。
出頭命令書が交付された以上、命令書に指定された通りに出頭し、まずは原付免許の取消処分を受けてください。
初心の取消処分には欠格期間もなく、普通免許は問題なく取得することができ、取消処分を受けるだけの出頭ですから、心配せずに出頭してください。
なお、処分を受けると、普通免許を取得するまでは無免許状態となりますから、処分を受ける日は公共交通機関を利用するとともに、無免許運転は絶対にしないようにしてください。（→1年間免許が取得できなくなります。）
処分を受ければ、本籍記載の住民票の写し（以下、住民票）を用意するとともに、教習所に初心の取消処分を受けたことを申告し、住民票を提出してください。
欠格期間のない取消処分なので、教習所を卒業して本免を受けて免許は問題なく取得できると説明されれば大丈夫です。
これで教習所については問題ありません。
本免の受験についてですが、累積点数が取消基準に達している訳ではありませんから、試験に合格した際に免許が拒否されることはありませんが、累積点数が処分の基準に達していれば、保留処分を受ける可能性がありますし、達していなければ、免許は即日交付されます。
要は最終違反日での累積点数が停止処分の基準に達しているかどうかの問題のみです。（保留処分は免許停止処分と同じです。）
これがまたちょっと複雑な話になってしまうのですが、原付免許の取消処分を受けて免許所持者でなくなってしまうと、その日から処分が始まったとみなすという規定があります。
例えば、30日の保留（停止）処分の該当者であっても、取消処分から20日が経過後に普通免許の本免に合格すれば、保留されるのは残りの10日となります。
10日が経過すれば、免許が問題なく交付されますし、そもそも保留というのは停止処分と同じ事ですから、待てなければ停止処分者講習の受講で1日に短縮することもできます。
普通免許は問題なく取得できますから、命令書にしたがって、まず原付免許の取消処分を受けてください。