免許証を一度更新し忘れてた場合運転記録証明書に失効記録が出て

免許証を一度更新し忘れてた場合運転記録証明書に失効記録が出てしまいますが免許証を紛失して免許証を再発行し、再度運転記録証明書を出した場合失効記録は消えるんでしょうか？
また、失効記
録を消すには何か方法はありますか？

事実を消すことはできません。

運転記録証明は、過去5年間の履歴みたいなものが出るとおもいますから、5年間すれば、証明書上からは消えるんじゃないですか？
なお、紛失再交付をすれば、免許番号が変わってしまう（末尾が「0」から「1」になる）ので、そっちのほうが、目に付くと思いますが…それこそ失効させないと、末尾「0」にはならないと思います。
なお、虚偽の申請で再交付は、犯罪になろうかと思われますから、やめましょう。