免許更新の過去5年間で2回以上の違反者は2時間の講習を受けるとして更新の直

免許更新の過去5年間で2回以上の違反者は2時間の講習を受けるとして
更新の直前に2回違反したと仮定します
この次の更新までの3年間に違反をしなかった場合でも

無条件で2時間の講習を受けないといけない事になりますか？補足何かルールがおかしいと思うのは私だけですか？

更新直前て、誕生日前４１日の間に違反すると次回もブルー３年ですよ。
解らん奴だなぁ、
最終違反日の明日から、５年と４１日無事故無違反で居ればゴールド優良運転者になるんだよ。
３点以下ならブルー５年、それ以上ならブルーの３年だよ。
自動車免許初取得して更新２回目で無違反ならゴールドですよ、つまりは６年目の誕生日って事だよ。
３年でゴールドになる訳ねえーだろうが。よく覚えとけ。あんたの頭が腐ってるんだよ。

その通りです。
一度、青3年（違反運転者）の免許証になると、違反の時期により次回も青3年の免許証なる場合が多いです。
次回の免許更新の際の誕生日の41日前から遡ること5年間の違反歴ですから、前回の更新時以前の2年間も含まれてしまいます。よって、質問文の最後にあるような結果になります。
補足
二度の「違反運転者講習」はおかしい、ということですか？私もそう思いましたが、この規定ではそういうことになります。また、それが違反を繰り返した人へのペナルティ的意味もあると思います。
要は、普段から適性な運転を心掛けていれば、そうそう違反で検挙されることはありません。

そうなります。
更新の運転者区分は、更新の年の誕生日の41日前から過去5年間の違反歴で計算されます。
更新直前に2回違反をしたのならば、その年の更新でその違反が計算歴に入ってきて、更新で違反運転者のブルーで3年間有効の免許証になります。
違反運転者の講習は2時間です。
次回の3年後の更新でも上記の計算歴に前回の更新直前の2回の違反が入ってきて、前回と同じように違反運転者で2時間の講習になります。
＜追記＞
ルールを決めるのは偉いお役人さんで、おかしいかどうかは貴方が自由に思うだけです。ルールはルールなので、全国民がこれに従っているだけです。
貴方がおかしいと思うならば、貴方が思うルールを公安委員会に申告することは出来ます。納得いかないのならば、供述書を公安委員会に提出してください。