普通自動車と原付の違反の扱いについて質問です。まず状況の説明をします。

普通自動車と原付の違反の扱いについて質問です。
まず状況の説明をします。
16歳で原付免許取得
19歳で普通自動車取得
現在初心者運転者です。
今年3月に自動車で違反1点
今年4月に自
動車で違反2点
今年6月に初心運転者講習に出席して来ました。
ここからが質問です。
あと自動車で3点以上の違反をすると免停になり、その後再試験になると思うのですが、原付で3点以上の違反をするとどうなるのでしょうか。
どなたか回答よろしくお願い致します

①普通免許取得１年以内、つまり初心者期間中に、
あと３点クルマの違反をした場合
もう初心者講習は受けれないので、再試験のみの対象となります。
そして、再試験に合格することはまずないので、普通免許が取り消しとなり、
運転免許は原付のみとなります。
この場合、同時に通常の行政処分、つまり30日免停なり、
違反者講習なりの対象にもなります。
ですが、再試験→免許取り消しがほぼ確定なので、
こちらの講習を受ける意味はほぼないと思います。
②初心者期間終了後に、あと３点クルマの違反をした場合
通常の行政処分、つまり30日免停なり、
違反者講習なりの対象にもなります。
③あと３点原付の違反をした場合
再試験の対象とはなりません。
通常の行政処分、つまり30日免停なり、
違反者講習のみ対象にもなります。

初心者期間の制度は多少複雑ですが、下記のような感じです。
・免許取得１年以内は、初心者期間となる。
この期間に免停期間などは含まない。
・この期間中に、「初心者とされる車輌での違反点数」が、
３～４点に達した場合、初心者講習の対象となる。
・講習受講は義務ではないが、受講しない場合は再試験となる。
（そして、再試験は超難関）
・再試験不合格、実受験の場合、初心者とされる車輌の免許のみ
取り消しとなる。
・この初心者講習や再試験以外にも、通常の免停などの処分対象となる。
・こちらは、全車輌の点数の合計で計算され、処分対象も全保有免許となる。
・初心者講習を受講しても、初心者期間を終了しても、点数はそのまま。
消えることはない。

現在、あなたの行政処分点数の累積は、3点です。
初心運転期間である普通車に運転で、3点となったので、「初心運転者講習」を受けました。このあとの展開を分けて書けば、こうなります。
1・原付での違反を繰り返しで3点加点され、累積6点になった場合…
行政処分である「免許停止30日」の処分となります。尚、累積点数がぴったり6点だった場合には、「違反者講習」の受講対象となります。
2・普通車での違反を繰り返しで3点加点され、累積6点になった場合…
先ほどと同様に、行政処分である「免許停止30日」の処分となります。ぴったり6点ならば、「違反者講習」の対象です。
これとは別に、「初心者特例」による「再試験」が課せられます。再試験で不合格となった場合には、「普通免許」は取り消されます。ただし、原付の免許は残ります。
ちなみにこれが、累積15点以上なったような場合の「行政処分」による「免許取消処分」だと、原付免許も普通免許も全て取消になってしまいます。

現在の貴方の状態は前歴なしの累積3点になります。
原付の違反は普通免許を取得した時点で初心運転者講習の対象外となっていますので、原付で累積3点以上の違反をしたとしても初心運転者講習になることはありません。
原付でも普通車でも、来年4月(最後の違反をした日から1年後)までに3点の違反をすれば累積6点で違反者講習、4点以上の違反をすれば累積7点以上で免停となります。
逆に、来年4月までに無事故・無違反で過ごせられれば、累積3点は0点になります。
貴方が明記しているように、普通免許の初心者期間である来年3月までに普通車で累積3点以上の違反をすると再試験になります。
再試験で不合格になると免許取消しになります。再試験は合格率10％未満の難関試験ですので、再試験になった場合は免許取消がほぼ確実と思ってください。

原付きで違反したら、ただの免許停止ですね。
問題は普通車の初心者期間（免許取得から1年間）に違反した時の事ですね。
分かっているようですが、初心者講習を受けた後に期間中にまた3点以上（1回に3点の違反をした場合は2回で4点以上が対象）で免許停止もあるし、初心者期間が終わった頃に『再試験』のハガキが来ます。
再試験は学科と実技の両方で不合格＝免許取り消しになります。合格率10％以下と言われていますので、再試験＝免許取り消しだと思っても間違いない位ですね。
ただし、再試験で不合格になり、免許取り消しになった場合、あなたの場合は普通車のみ取り消しで原付きの免許は残ります。そして普通車の免許の再取得に『取り消し処分者講習』という講習がありますが、あなたは受けなくても大丈夫です。試験場での「一発試験（正しくは一般試験）」も翌日から受けられます。もちろん、教習所にも翌日から普通に通えます。

原付では初心者期間が終わっていますから、原付であと３点違反しても初心者制度によるペナルティー（再試験）にはなりません。
しかし、通常の点数制度では自動車で違反しても原付で違反しても合計６点になれば、免停または違反者講習の対象になります。
もちろん自動車であと３点違反したら加えて再試験にもなります。

普通自動車と原付の点数が別々だという勘違いは意外にも多いんです。
しかし 実際は何種類の資格を持っていても 一つの免許証なので 全ての違反点数は合算され 取り消しになる時は全て無くなります。