普通自動車のミッションの免許を取ったら自動的にオートマと原付は取れるんですか

普通自動車のミッションの免許を取ったら自動的にオートマと原付は取れるんですか

ミッションの免許ってのはありません。
マニュアル（MT）の免許を取れば、というよりその中にATと原付の教習は含まれてます。
AT免許と言われてるものは正確には「AT限定」であり、普通免許（現中型限定）にMTが運転できない制限のある物（要するに通常の教習からMT教習を省いた）です。
どちらにしても原付教習はあるので、いわゆる普通免許には原付は付随してます。
なのでMTで取得すれば当然ATも原付も運転可能です。

普通自動車(限定なし)で運転できるのは、
普通自動車 MT
普通自動車 AT
小型特殊自動車
原付(MT、AT)
です。
普通自動車 AT限定で運転できるのは、
普通自動車 AT
小型特殊自動車
原付(MT、AT)
です。

原付のMTは、普通自動車AT限定でも法律上は運転可能です。
操作方法を知っているかどうかは別問題ですが・・・・

普通自動車免許で乗れるのはこれですね。
・普通自動車（ＭＴ・ＡＴ）
・小型特殊自動車
・原動機付自転車

そうですね
オートマ免許ってものが無いですから
普通自動車免許 但し、オートマに限定 ってことですから。
逆にここからミッション運転したくなったら、この限定条件を解除する試験等に合格しなければなりません。