普通自動車免許を持ってますが、普通自動二輪免許を取得した場合、

普通自動車免許を持ってますが、普通自動二輪免許を取得した場合、免許証は新しいカードになる（また証明写真を撮る）のでしょうか？それとも現在所有してる免許証の裏に普通自動二輪のハンコを押すだけでしょうか？

免許証の「併記」となるので、新しい免許証へと切り替わり、免許証用の写真も撮り直します。
そして、免許証の、種類欄上段右から２マス目に「普自二」と記載されます。

免許証に所持免許の表示欄がありますよね。
ここに、変更がある場合は新規に作成されます。
例えば、普通一種免許所持で普通二輪免許を取得した場合は新規作成です。
また、普通二輪免許（AT限定）の限定を解除した場合は、今までの免許証の裏面に限定解除した旨の印を押されます。

新しい免許証が交付されます

新しく免許を取れば新しく成りますが、二輪の場合中型から大型に取り直したら判子だけです。