運転免許試験場で、普通自動車の飛び込み試験を受けたのですが、試

運転免許試験場で、普通自動車の飛び込み試験を受けたのですが、試験料が学科試験料3300円で賃車料が1100円で合計4400円取られたのですが、私は単車の免許は持っているので学科試験は免除されて
います。
それでも学科試験料を取られるシステムに少し疑問を覚えたのですが、これは私がおかしいのでしょうか？

そうですね。質問者さんの誤認識となります。
また、「学科試験料」という名目の料金はありませんよ。「運転免許試験料」です。この「運転免許試験料」は、学科試験・適性試験・技能試験の３つ分の試験料金という枠組みではなく、あくまでそれらを一括して「運転免許試験料」という料金が発生するようです。
ですから、学科試験が免除されても、料金は一切変わりません。ただ当然ですが、「車両使用料」は、技能試験を受ける段階から発生します。

この場合、学科と言う名前がついてるので誤解しやすいですが、
要は
「試験料」
「貸車料」
この二つが必要ってことです。
あなたは「飛び込み試験」を受けたのですから、試験料は必要です。
また、車を借りたのですから、貸車料が必要です。
普通に考えて、貸車料の１１００円だけで受験できるわけがないのはわかりますよね。

先の回答にもあるように学科、技能、適性の試験があります。
例え教習所を卒業したとしても適性試験は誰も免除になりませんので
結果的に試験料は発生します。
つまり、試験に合格するまでは
何らかの試験が課されるので、必ず必要になります。
ご参考までに

学科受験料じゃ無いです。「試験料」です。ですので、学科を合格しても（貴方は無いけど）そのままお金払わず技能試験に行けます。貴方の場合は学科は無いけど技能はあるので、その受験料です。深く考えないでいきましょう。