１８歳で初めて普通免許をとった場合は、グリーン３年、ブルー３年、(過去５年無事

１８歳で初めて普通免許をとった場合は、グリーン３年、ブルー３年、(過去５年無事故無違反で)ゴールドとなるので最短でもゴールドになるまでには６年必要となりますよね？
でも、１６歳で原付をとってるひとというのは、１８歳で普通免許をとるとブルー免許がもらえて、３年経って更新のとき、原付のぶんの２年間があるのでそこでもうゴールドになり、１８歳で初めて普通免許をとった人より３年早くゴールドになれるというわけでしょうか？？

グリーン3年という定義は間違いがあります。グリーンは初めて免許取得した人の色で、免許取得日の3回目の誕生日の1ヶ月後が有効期限です。
つまり、免許取得日が誕生日直前ならばグリーンでの期間は約2年、免許取得日が誕生日直後ならばグリーンでの期間は約3年、ということになります。
16歳と18歳で初めて免許を取得した人のどちらも、最短では5年でゴールドになります。したがって、理論的には16歳で初めて免許を取得すれば2年早くゴールドにはなれます。

その通りです。
５年間無事故無違反でゴールドです。

まぁそこまでゴールドに拘る理由が分からないけど、そこまでこだわるなら、２１歳５年過ぎた頃に、小型二輪とか大特とか取れば良いんですよ。そうすれば更新を待たずとも無違反ならゴールドになりますから。