免許とって一年間無事故無違反で、それ以降に減点3の違反があった場合

免許とって一年間無事故無違反で、それ以降に減点3の違反があった場合、３ヶ月何もなければ0点に戻るんですか？

それは1年じゃなくて2年以上連続して無事故無違反であった場合の特例です。

２年間無事故無違反の場合だよ、バーカ。
序でなら３点以下だよ。
あんたの場合違反日から、１年無違反なら０点に戻るよ。
教本読み返しな。

戻りません。
違反をしてから3ヶ月無事故・無違反で0点に戻るのは、過去2年間無事故・無違反で過ごした人の場合です。
貴方は2年間の運転経験がないので、上記には該当しません。
違反をした日から1年間無事故・無違反で過ごせられれば、累積3点は0点になります。

その特例が適用されるのは、２年間無事故無違反の場合です。
良い機会ですから、点数制度について改めて確認されることをお勧めします。
例えば、警視庁ホームページ
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/sub_07.htm