道交法に詳しい方お教え下さい。極めて稀なケースではないかと思います。

道交法に詳しい方お教え下さい。極めて稀なケースではないかと思います。
私は福岡県在住の会社員ですが昨年の１２月１４日佐賀県内で酒気帯び運転で検挙されました。この時点で１３点で免停９０日です。その後福岡県内で１月１６日に今度は２０KM速度超過違反で捕まってしまいこれで３点ですから合計１６点になり取り消しです。そして１月１８日に警察本部より聴聞の知らせが届きましたが、それには酒気帯び運転で９０日の免停のみの記載になっていました（出頭日は１月２９日です）。ここで質問ですが、もし１６点で免許取り消しの通知が届く前に聴聞に出て免停９０日が確定してしまえば、前歴１回の３点となるのでしょうか？それとも、また免許取り消しの通知が来て再び聴聞に出てやはり免許取り消しとなってしまうのでしょうか？どなたか詳しい方いらっしゃったらお教え下さい。宜しくお願いします。

免停90日が確定したとしても免停中というのは点数は累積した状態であり免停終了して前歴1の0点になります
従ってこの場合だと免停対象の13点ある状態で3点乗るため取消し対象にそのままなります
発送と後日の違反発生日とのズレがあるだけなので数日以内に訂正された取消し通知が発送されるでしょうね

取り消し回避出来ないようなな気がしますよ
まず、聴聞会は行政処分(免停や取り消し)の開始ではありませんよ
行政処分を行うための手続きに過ぎません
また、受付で通知対象違反後に新たな違反がないか確認されますよ
指定日まであと９日もあるし、十分加点処理する時間かありますね

~取消処分は回避できます。
意見の聴取というのは前もって準備が進められた上で通知書が発出されますので、通知が発出された以上、必ず記載された累積点数で実施されます。
追加の違反があったことについても当然、把握をされているのですが、当日に3点が累積された前歴0回累積16点で意見の聴取が実施されることはありませんので、できるだけ出席して当日に処分を受けるようにしてください。
どうしても出席ができない時は、迅速に処分を受けるようにすれば、90日の停止処分で済みますが、処分を受けるのが遅れ、3点が累積された累積16点で再度、意見の聴取通知書が発出されてしまうと、停止処分では済まなくなります。
累積13点で90日の停止処分を受けた場合、残っている3点の違反点数については、事実上不問になります。
処分明けの累積点数は前歴1回累積3点となりますが、この状態では処分を受ける基準（累積4点以上）には達しておらず、また処分を挟んで前後の違反点数は合算しない決まりになっていますので、処分後に新たな違反については、この3点に上乗せされることがなく、別勘定での累積となります。
例えば、処分明け以降に3点の違反をしたとしても、前歴1回累積6点にはならず、前歴1回累積3点の状態となり、処分を受けるまでにさらに追加の違反をすることがなければ、処分明けは前歴1回累積0点とお考えになって大丈夫です。
※処分までにさらに追加の違反があり、処分明けに前歴1回累積4点以上に達してしまうと、再度処分を受けることになります。
補足
回答に変動はありませんが、20キロ以上25キロ未満の速度超過の違反点数は2点になります。
追加の違反があったことについて～ （修正）

そんな事気にしている位なら「酒飲んで運転しない」のが筋でしょう。
反省して自主的に免許返納してください。

後日取消の聴聞会の呼び出しがありますよ。
免取りです。