免許証の写真で、眼鏡をかけている人が眼鏡を外して写真を撮って

免許証の写真で、眼鏡をかけている人が眼鏡を外して写真を撮ってもらって、それを免許証にしてもらうことはできますか？

出来ますよ。
「眼鏡等」は運転中の条件なので、写真は外していて大丈夫です。
レンズが反射する場合があるので、写真の時に外すように言われる場合もあるそうです。

私もメガネを掛けていた時代、そうしてました。眼鏡掛けた顔が嫌いだったし、どうせ免許の条件欄に「眼鏡等」となるし、眼鏡掛けなきゃいけないなら、コンタクト派（私は現在コンタクト）が写真撮ったら問題になりません？

当然できますよ。
昨年１２月、運転免許更新へ行きました。
通常は眼鏡使用ですが、写真写りが悪いので
いつも裸眼で写真撮影しています。

むしろ眼鏡を外すように言われてから撮りました。

もちろんできます。
コンタクトレンズの人もいてますし。