最近普通免許を取得したのですが、原付免許だけを持っていたときに1点減点され

最近普通免許を取得したのですが、原付免許だけを持っていたときに1点減点されたのですが、この場合普通免許を取得して2点の減点で初心者講習になるのですか？

減点はないから。引かれるなら皆違反して喜ぶわ。違反していない状態が0点で、違反したら足されていく『累積加点方式』だから。
で、最初に原付を取得していて、後から普通自動車免許を取得した場合。原付で1点違反していて、後から普通自動車で2点違反しても初心者講習にはなりません。
普通自動車は原付の上位免許になるので、普通自動車の初心者期間で対象になるのは普通自動車の違反だけです。だから、普通自動車で3点以上（1回で3点の違反だと2回で4点以上の違反）で初心者講習対象です。
初心者講習を受けた後でも、まだ初心者期間中に講習対象の違反をすると、講習は受けられないので『再試験』になります。初心者期間が終わる頃にハガキが来ます。普通自動車の再試験は学科と実技両方合格しないと取り消しです。原付は残ります。合格率は10％以下なので、再試験＝取り消しと思って間違いないです。
ただし、初心者期間中でも『免許停止』等の処分には一定の点数でなりますから、原付ならいくら違反してもいいとはなりませんよ。免許停止になれば普通自動車も運転出来なくなるし、免許停止明けには『前歴0回→前歴1回』になり、免許停止になる点数が低くなるので（前歴0回なら6点～8点で30日停止、前歴1回は4点～5点で60日停止）違反癖がついたら停止まであっという間だし、取り消しまで一直線です。しかも、60日以上の免許停止は講習は2日間で、最大でも半分しか短縮にならないので、少なくても30日以上は運転出来なくなります。
免許停止中に運転して捕まれば『無免許』で19点加点、裁判所に呼び出され罰金30万以下または3年以下の懲役となります。未成年なら親同伴で裁判所に呼び出され保護観察でしょう。
当然、免許取り消しで最低1年はいかなる免許も取得出来ない『欠格期間』が設定されます。15点以上で取り消しです。15点～24点で1年、25点～34点で2年。

普免で３点になった場合ですよ。
普免、原付合わせた合計点、累積６点になった場合、免停講習ありますよ。
違反から違反まで１年以上の開きがあれば、、前回違反はカウントされませんよ。

初心運転者講習対象“だけ”は、各区分の違反に関してだけで個別にカウントします。
上位免許を取得した人は、下位免許の違反でこれに該当する事はありません。
上位免許を取得した時点で、下位免許取得から１年未満であっても下位免許の初心運転者期間は終了した事になる。そして、上位免許の１年間がスタートする。
なので、原付免許の上位免許である普通一種を取得したのですから、原付での違反を（過去も、これから先も）何点何十点重ねようが初心運転者講習に呼び出される事はありません。
免停や免取にはなりますが。それは区分わけなんかないから、免許全部に影響しますし。

質問者さんの場合、あくまで「四輪を転がしていた時の違反」が初心運転者講習の対象になります。