運転免許証の更新を忘れきずいたのが一年後。今はもう三年ぐらいたってます。

運転免許証の更新を忘れきずいたのが一年後。今はもう三年ぐらいたってます。車にはもう六年以上乗ってなく、免許をとってほぼ乗ってないです。父に教習所代すべて払ってもらっており父にバレる
のが恐ろしく早めに再度取得したいのですが、ペーパーの私は一から教習所通いしか方法はないでしょうか？一人暮らしで教習所に回せるお金がないので、安くあがる方法があれば教えてください。

1から再取得するしか方法はありません。
場所によっては多少割引があるかもしれませんが、あまり変わらないと思いますよ。

ほとんどを運転免許試験場で取得しましたが、運転免許試験場だから合格できないなんてことはありません。
試験官が受験者に対して贔屓や嫌がらせすることも、まずありません。
友人の多くも試験場で実技試験を受験していますが、馬鹿な話は耳にしたことがありません。
当たり前のことが当たり前にできさえすれば、技能試験は合格します。
問題は何が当たり前なのかを分からなければなりません。今回のケースでは思い出すでしょうか。
公安委員会指定の教習所でも、試験場で取得する方とかペーパードライバーに向けて時間貸しで教習をしてくれるところが少なからずあります。電話などで確認してみましょう。また、試験場の予約の方法もあらかじめ確認して、大まかな予定を組みましょう。
教習所の指導員に対しては、試験場で取得するために教えて欲しいと言えば、それなりの教え方をしてくれます。
これが安価で確実な方法だと思います。
問題は、車が空いていたりしないと練習できないこと。金額は入所金の他に1時限で5000円位でしょうかね。
プレッシャーがある分、身に入り方も違うでしょうから。4、5回の練習してから受験に望んでみたらどうでしょうか。
合格できなければ、何が不十分なのか運転免許試験官に確認。それを教習所で集中して教えてもらうことも可能です。
素直な気持ちで頑張れば、数回で合格できると思います。

事実上指定教習所に通うしかありません。
確かに試験場で直接受験すれば理論上は遥かに安く取得できます。ですがそのためには合格率5%とも言われる技能検定を通らなければなりませんし、現役の指導員でもなければ一発で通ることは稀でしょう。

試験場に直接試験を受けに行く（学科と技能）
方法も有りますが、まず受からないと思います。
学科試験はテキスト買ってきて勉強出来ますが
技能試験は実際に運転しないといけないので・・・・
費用を抑える方法としては、
纏まった時間が取れるなら
合宿免許だと少々安く上がりますが
２～３週間合宿に行くことになるので
仕事を抱えていると難しいと思います。
あと、教習所には
公認と非公認があって
公認教習所は費用が高めですが
仮免が教習所で取得でき
卒業すれば本試験の技能試験が免除されます。
非公認の教習所だと費用は安いですが
仮免と本試験の際、試験場にて技能試験も受ける事になります。
試験場の技能試験は合格しづらいと聞きます。
理由は色々有るようですが、非公認の教習所に通って
試験を何度も受けに行くよりは
公認教習所を卒業した方が、結果早道になると思いますよ。
（試験を受けに行くだけでも費用は掛かります）
よく考えて、自分に合った方法で頑張ってください。

ペーパードライバーじゃ試験場も無理ですね。
合宿免許が通学よりは安く取れますが、2～3週間は教習所指定のホテルと教習所の往復の毎日です。
通学の学校よりは1～3割ほど安くなります。