運転免許の学科試験を受けようと思っています。免許センターで合格

運転免許の学科試験を受けようと思っています。免許センターで合格したら写真撮影があると聞きましたが
めがねをかけて撮影できるのでしょうか

特に眼鏡をかけた状態で撮影してはいけないという決まりはありませんので、一般的には出来ますよ。しかし、撮影する場所の照明状況によっては撮影時に眼鏡が光ってしまったり、眼鏡内に蛍光灯などの照明が写ってしまうことも有り、その場合は眼鏡を外して撮影するようにいわれることもあります。
しかしその一方で、逆に運転免許証の「免許の条件等」の欄に「眼鏡等」が表記される人の場合、基本は眼鏡をかけて撮影するように言われることもあります。実際にこの当事者もいました。
私はこれまで、免許の条件に関係なく眼鏡有りでも眼鏡無しでも撮影できるものと思い込んでいましたので、この話を聞いたときは驚きました。私が運転免許証を併記するときはこの様なことは全く言われたことがありませんでしたから。この辺は試験場によりけりだったり撮影者の判断も入っているんじゃないかと思います。

撮影時、フラッシュがメガネレンズに反射してしまうので、外してくれって言われることもありますが、言われないこともあります。
特別決まっていないようです。

免許センターの判断になると思われます。
実際、私がそうでしたが、免許取得時はめがねNGで、更新のときはめがねOKでした。
（同じ試験場の話です。）
もともと裸眼視力は0.1もないので、免許の条件には「眼鏡等」がしっかり記載されてます。
ということで、初回更新になるまでは写真はめがねなしで「眼鏡等」の条件が入った免許証でした。