約５年前に交通違反したのですが、来年免許証の書き換えが有ります。色々あって、

約５年前に交通違反したのですが、来年免許証の書き換えが有ります。色々あって、今都内に居るんですがまだ違反金を納めていません、どうしたらいいか教えてください。

~何もありません。
軽微な交通違反では反則金を納付することで、公訴を提起されなくなり、刑事罰を受けることがなくなるのですが、反則金を納付しなかった場合や軽微でない違反の場合には、公訴が提起されて刑事罰を受ける可能性があります。
しかし、公訴はいつまででも提起できる訳ではなく、罪に対して定められている法定刑の重さに従って、公訴ができる期限、公訴時効が決まっており、この期限を過ぎてしまえば、罪には問われなくなります。
例えば、速度超過は6月以下の懲役又は10万円以下の罰金が法定刑ですから、公訴時効は3年になるのですが、酒酔い運転など、一部を除き、ほとんどの交通違反で同様に公訴時効は3年です。
質問では、違反より5年程度が経過しているということですから、酒酔い運転やひき逃げなどの悪質な違反でない限り、公訴時効が成立し、罪には問われなくなっています。
何もありませんから、心配せずに更新手続きに行ってください。
色々あったということですから、所在不明で呼び出すことができずに公訴時効が成立してしまったのではないでしょうか？

更新に行くと別室に通されるので
日数・時間に余裕を持って行って下さい。

５年前と今の住所違いませんか
普通反則金等未払いだと１年もすれば警察の再三の呼び出しに応じなかったとして朝お迎えにくるはずです
５年間もほったらかしというのもおかしいです
ただ引っ越しをして免許の住所変更してなければ手紙はと届きません
郵便局に転送依頼していてもそういう手紙は返却されます
なので免許更新時に逮捕される可能性も有ります
運が悪いと免許失効しているかも知れませんね
逮捕覚悟でその違反金プラス２００００円ぐらい用意して警察署に出頭して下さい
もっと必要かも知れません
プラスというのは督促状の手数料です
其れと住所変更していない件で反則金か罰金が科せられるかも知れません

払ったら良いと思います。