運転免許の視力検査で２種免許と普通免許を持っていますが、普通

運転免許の視力検査で２種免許と普通免許を持っていますが、普通免許は裸眼で通るのですが、２種免許はメガネをしないととおりません。その場合、２種免許だけ眼鏡等の条件がつくのでしょうか？
警視庁のＨＰには※大型免許、中型免許や第二種免許の方、普通一種や自動二輪の方が上記基準に達していない場合は、下位免許にあたる基準に達した普通一種や原付免許等を交付することになります。とあります。

条件欄に「二種は眼鏡等」などと書かれます。文言は正確ではないかもしれません。
大型・中型自動車と各種二種の視力の規定は同じだったはずですが、深視力がダメな場合、矯正しても基準値に届かない場合は、下位免許に格下げになります。
仮に、あなたの場合ですと、一種普通と二種普通を持っているのですから、二種の視力規定値に届かない場合、普通二種免許がなくなり、一種普通だけの免許証になります。
例えば、大特・大型一種・大型二種の3免種を持ってる人の場合だと、メガネをかけても視力の値が届かない、深視力がダメといった場合、大型一種と大型二種がなくなって、一挙に一種普通免許に格下げになってしまうということです。

普通に聞くなら１種２種の普通免許持ってますって言うでしょ。
１種よりも２種は上位、視力通らなきゃ２種は消されるよ。
高々眼鏡かける掛けないで、質問する自体間違いじゃないの？
最近はコンタクトしてても申告しない人は、掃いて捨てるほど居ますよ。

眼鏡等（旅客車・大型車・けん引車に限る）って条件が付きます。
知人の免許は、２種免許所持で大型免許やけん引が無くてもこの表記だった。
質問のＨＰ記載内容は
更新時条件に満たないときのものですよ。

そのとおりです。
私もかつては、
【眼鏡等（大型車に限る）】
という条件付きでした。

おっしゃるとおり、その場合、二種のみ眼鏡等の条件がつつきます
警視庁のHPに書いてある上記基準に達しない場合は・・・は視力矯正ができない場合です
何をしても基準に達しないなら・・・ということです