オートマ車とマニュアル車とでは取得する免許が異なるのでしょうか

オートマ車とマニュアル車とでは取得する免許が異なるのでしょうか？
もし異なった場合、2つ取得しろってことでしょうか？

よろしくお願いします。

よくAT免許とかMT免許という様にあたかも別々の免許であるような書き方が有りますが実際は、そうでありません。
ご家族、友人などの運転免許証実物をご覧になったことがあるかと思いますが運転免許証には、有効期限の下に
「免許の条件等」という欄があります
MT車で教習を受けてMT車を使って卒業検定を合格した場合、免許の条件は空欄です（視力が悪い場合は、眼鏡等は書かれます）
一方でAT車で教習を受けてAT車を使って卒業検定を合格した場合、免許の条件等の欄に「普通車はAT車に限る」という条件が記載されます
わかりやすくいうとMT車の人は普通自動車の限定なし免許を
AT車の人は普通自動車のAT車限定免許を交付される訳です
普通車のMT車で免許をとった人も
AT車で免許をとった人も運転できる車両は、同じなのです
ただ一点のみ免許の条件として「AT車に限る」という限定条件を追加された人と
条件がない人という違いでしかありません。
教習所でAT車限定条件を付けられる前提で普通自動車の免許取得カリキュラムを進めていた人は、
途中からMT車取得に向けてのカリキュラムに変更することは出来ません。
その逆でMT車からAT車にカリキュラムを変更することは可能です。
変更できるのは、限定条件の無い免許から限定条件を付された免許に変更するからです。
AT車からMT車にカリキュラムを変更することは、
教習の途中で限定条件のある免許から限定条件の無い免許に変更することになりますから当然不可能です。
免許の条件等に何も記載がなければMT車でもAT車でもどちらでも運転可能です。
一方で免許証に「普通車はAT車に限る」の限定条件が付いている人が
MT車の運転が必要になった場合（限定条件の無い免許が必要な場合）は、
「普通車はAT車に限る」の条件について限定解除審査を受ける必要があります。
教習所で解除審査を行う場合の内容は最低４回の教習と卒業検定です
課題としては、
・踏切での停車と発進
・坂道発進
・S字とクランクの走行
・縦列駐車
・方向転換
があります。
最短で各課題をこなしていけば４回の教習所内のコースを使った教習と卒業検定で卒業できます
ちなみに卒業検定は教習所内のコースで行います。公道での走行は、一切行いません
ただし教習期限というものが設定されていて教習所に入校してから３ヶ月以内に卒業しないと最初からやり直しになってしまいますので注意してください
また公道で試験を行わないため教習所を卒業してAT限定の条件がなくなった後も十分注意してMT車を運転する必要があります
AT車限定から限定解除をした人は、
教習所でMT車取得向けのカリキュラムを受けて、
MT車で仮免試験を受け、MT車で卒業検定をを受けて免許を取得した人
（限定条件が無い免許をとった人）と違って
限定解除審査では、公道を一切MT車で走行せずにMT車が
運転できるようになるので
MT車が運転できる免許を持っていても公道でのMT車の運転経験が全く無い
わけですから安易に試験に合格してMT車が運転できるようになったから
大丈夫という気持ちで運転していると大変なことになります。
実際にAT車の限定解除をされた方の体験談が載っているサイトを見つけましたので参考までにURLを貼っておきます
最短で卒業できればいいのですが実際は数回の補講を受ける場合が多そうです
http://paperstreet.iobb.net/license/atkaijyo/atkaijyo.htm
http://blogs.yahoo.co.jp/bay_hamilton/59860104.html
費用は最短で卒業（補講なし）の場合で５万円から６万円ぐらいです。
それとは別に運転免許の発行手数料で２０００円ほど必要です。

免許自体は、AT限定でも限定なしでも同じ「第一種普通自動車運転免許」
ということになります。
ただしAT車で卒業検定を受けた場合に免許の条件として
「普通車はAT車に限る」の条件が付けられます
AT車限定の人がMT車の運転が必要になった場合は
違う免許を取るのではなくて、限定解除審査を受けて
「普通車はAT車に限る」のz免許の条件を解除してもらいます。
ですから決して２つの異なる免許を取得するということでは有りません。

ＡＴ限定…ＡＴのみ運転可能
限定なし…ＡＴ、ＭＴともに運転可能
一般にＭＴ免許と言われているものは『限定なし』の免許です

＞オートマ車とマニュアル車とでは取得する免許が異なるのでしょうか？
普通免許を取得すると
マニュアルミッション車（3ペダル）
オートマミッション車（2ペダル）を運転できます
普通免許ＡＴ限定を取得すると
オートマ車（2ペダル）を運転できます
マニュアルミッション車（3ペダル）は運転できません

AT限定には文字通り「AT車のみ運転可」という制限が設けられているだけであって、免許としてはあくまで同じ普通免許です

普通免許：マニュアル車（MT車）もオートマチック車（AT車）も運転できる免許です。質問文にある“マニュアル車”の免許といわれるものです。
普通免許（AT限定）：AT車しか運転できない免許です。
限定無しで取得すれば、どっちに乗っても構いません。しかし、AT限定で取得してしまい、後々MT車に乗らなければいけないような場合には、“AT限定解除”という作業をしなければなりません。
AT限定解除には、自動車学校で解除教習（規定4時間）と解除審査を受けるか、運転免許試験場で解除審査を受けることになります。
AT限定とはいえ、すでに普通免許を取得しているので、改めて取得するわけではありません。故に“解除審査”というのです。
最近は、自動車学校のHPでも“MT免許”や“AT免許”と表記されているので、“MT免許”というと、MT車しか運転できないと誤解している人が少なからずいるようです。

取得しろと命令系でなく選択できるよって言ってるのですが。
今では運転してる車の9割がＡＴなのです。
その中でＭＴのシフト操作で苦慮してる人の為に作られた免許ですよ。