普通免許を取得した時にはAT・MT選べたのですが、中型自動車免許を

普通免許を取得した時にはAT・MT選べたのですが、中型自動車免許を取るときはATorMTを選べるのでしょうか？

無理です。中型・大型自動車にAT限定はありません。
もちろん、試験用の車両もMT車です。中型や大型の免許を取得すれば、AT限定の文字は消えるはずです。

選べないよ。そもそもATの試験車両無いもん。
AT限定なんて不思議な制度があるのは
"普通一種"
"普通二種"
"普通二輪"
"大型二輪"
の4車種だけです。