普通免許（期限全然ある）を持ってる人がバイクの免許を取った場合、

普通免許（期限全然ある）を持ってる人がバイクの免許を取った場合、免許証の写真は撮り直すんですか

新たに免許を取得すると、あらたな免許証が交付されます。
もちろん写真も新たに取り直すし、有効期限も免許交付された日から起算されます。
たとえば、
原付免許を取る
更新時期が近付いたら普通自動車免許を取る
更新時期が近づいたら普通自動二輪免許を取る
更新時期が近付いたら大型自動二輪免許を取る
更新時期が近付いたら中型自動車免許を取る
更新時期が近付いたら・・・(以下、免許を全て取得し尽くすまで続く)
とやっていると、全ての免許を取りつくすまで1度も更新する必要が無い。

取り直します。
免許証自体を作り直すから。
検定解除などの場合は裏書きで済ませるけれど、新規区分を取得したら表書きから刷新します。