新普通自動車運転免許についてなんですが、車両重量4tの車に2tの荷物を積載し

新普通自動車運転免許についてなんですが、
車両重量4tの車に2tの荷物を積載したら、車両総重量が5tを越えてしまうから運転してはいけないんですか？

「車両総重量」は車検証に書かれた数値です。
車検証に書かれた「車両総重量」が ５ｔを超えていたら運転出来ません。
荷物を積む積まないは関係無く、荷物を積んでいなくてもダメです。
「乗用車」であれば（貨物でなければ）両重量4tの車に2tの荷物を積載しても、普通免許で運転できます。

「2トンの荷物を積載したら」とありますが、その車の最大積載量が2000kgだったら。ということです。
積んでいても積んでいなくても、最大積載量3000kg以上または車両総重量が5000kg以上であれば、普通自動車免許では運転できません。