僕は大学一回生で二か月前にMTの免許を取得したのですが、マニュ

僕は大学一回生で二か月前にMTの免許を取得したのですが、マニュアル車が欲しくて近所の車の中古屋に行って探したのですがどれもATでした。やはり今はどこを探してもマニュアル車はないのでしょうか？ちなみに
京都に住んでいます。

いえいえ、そんなことはないとおもいますが。。。
ぼくもさっきインターネットで調べてましたが結構マニュアル車たくさんみかけましたよ。
ちなみに僕のおすすめの車はトヨタのメガクルーザーです。
＾＾＾＾＾＾
(あれ、メガクルはマニュアルだったっけ？)

何件の車屋さんに行ったのですか？
質問者さんの行った販売店で扱っていなかっただけでしょう。
限られた店舗で扱っていなかったからと言って、何処を探しても無いという考えうをすることが間違いです。

沢山ありますよ。
スポーツカー、スポーティーカーには特に多い。
最近ではトヨタの８６、スバルBRZ、インプレッサWRX…etc。
各社に１車種は必ずあります。