ゆとりーとラインはガイド構造を取り外して普通のアスファルト舗装にすれば、

ゆとりーとラインはガイド構造を取り外して普通のアスファルト舗装にすれば、動力車操縦者運転免許がいらなくなる理屈でしょうか？

そうなるでしょう。
ガイドがあるので、”鉄道”の範疇に入るのですから。ガイドをはずして、道路となれば今度は大型二種免許が必要でしょう。回送運転であれば、一種でかまわないですが。