私はフィリピンとのハーフで - 来年母国遊びに行く予定でその時に車の免許

私はフィリピンとのハーフで
来年母国遊びに行く予定で
その時に車の免許も取得する予定で
以前免許学校のほうで
色々と確認をして、
三ヶ月滞在しないと日本に帰るときに
免許のチェンジが出来ないと
言われました
向こうで免許取得し、三ヶ月滞在し
日本に帰ってきて免許のチェンジをし
更新するってなった時は
またフィリピンに帰って
長く滞在しなきゃいけないんでしょうか？

日本の免許に切り替える（チェンジ）といっても、フィリピンでの免許取得の実績をもって日本の免許取得試験の一部が免除されるだけ。
フィリピンの免許は免許で、権利としてはキチンと生きています。
なので、フィリピンの免許の更新時にフィリピンに帰って更新すれば良いだけ。その場合、滞在期間縛りは全くありません。
日帰りでも良い。
日本の免許は日本の免許で、フィリピンの免許はフィリピンの免許でキチンと更新するだけです。
それと、フィリピンの免許だと日本の免許切り替え時に試験の一部が免除されるだけで、試験はあります。
本免学科＆実技相当で、日本の試験場で受けようとすると実技が結構厳しい！
なかなか合格できません。教習所に通い直す人も多いです。
また、最近は試験免除すら受けられない場合もある（フィリピンで、賄賂で免許取得したと判断されてしまった場合）。
日本での免許取得費用の節約だけを考えているなら、達成には結構ハードルは高いです。

外国免許から日本免許への切り替えには、通算で3か月以上の
滞在実績が必要です。通算なので、数回に分けても実績になります。
（パスポートで履歴は証明できる）
ただし前の方の回答にもありますが、免許切り替えには実技試験が
必要で、これがなかなか受かりません。
また中国やフィリピンなど特定の国の免許は、切り替え申請（試験）
自体が拒否されていると聞きます。これは残念ながら当該国では
あまりにも偽造が多いからのようです。
日本で乗ることを目的にするなら、素直に日本で免許を取ることを
お勧めします。