今年の3月に原付免許を取得。同年5月に信号無視で2点。そして、7月に

今年の3月に原付免許を取得。同年5月に信号無視で2点。そして、7月に普通免許を取得。昨日、信号無視で2点。共に原付での違反。この場合、初心者講習の対象になるのでしょうか？

初心運転者講習の対象は「該当免許に係る違反」に限られます。従って普通車を運転中の違反分が該当する為、原付での違反は関係ありません。
ただし6点の免停が目前に迫っていますから、そちらの心配をされた方が良いでしょう。

対象外です。
普通免許を取得した時点で原付免許の初心者期間は終了しています。
そのあとで、原付で違反しても初心者期間の特例措置の対象外です。
ただし、通算して
４点ですから、あと２点で免停対象になります。
免許を大事にしてください。