甲種電気車運転免許（電車の運転免許証）を無くしてしまいました。もちろん今

甲種電気車運転免許（電車の運転免許証）を無くしてしまいました。もちろん今は地上勤務です。運転士降りたとき返してもらって無くしてしまいました。再発行してもらえますか？

動力車操縦者運転免許証の管轄は国土交通省運輸局ですので、各地域の運輸局へ問合せて下さい。
関東であれば、国土交通省関東運輸局鉄道部になります。

発行元の陸運局に問い合せしてみれば如何ですか。