車の免許を持っていて普通二輪の免許を持ってない人が無免許でバイク

車の免許を持っていて普通二輪の免許を持ってない人が無免許でバイクに乗って捕まったら、車の免許も取り消しになるんですか？

当然。
運転免許証は、乗れる種別が1個だろうが、複数有ろうが、1枚しかない。免許証番号は各自に1個しかないでしょ。