先々月原付の免許を所得し、今現在、車の免許を取りに行ってます。

先々月原付の免許を所得し、今現在、車の免許を取りに行ってます。 車校を卒業し免許センターで学科試験を受けたあとに免許証を交付してもらう際にまた、免許交付手数料かかるものなのですか？

交付してもらうんだから手数料いるのは常識。

免許証が新しくなるので、学科試験の受験料とは別に、交付手数料2050円（だったと思いますが）が必要です。