教習所に通っているのですが、申し込みをミッション車にし何回か乗っている

教習所に通っているのですが、申し込みをミッション車にし何回か乗っている状態ですが、途中でAT車のコースに変更できるのでしょうか？

変更可能と思います。追加費用も無が普通。
あなたの自動車学校に確認を。
追加費用が有るとすれば、本来ＭＴの講習が不十分で、追加講習が出て、ＡＴと共通の項目の講習が完了していない時だと思います。
私の娘が自動車学校に入るも、私のＭＴ車乗るつもりで、勝手にＭＴにしていたので、即ＡＴに替えさせました。
追加費用ゼロでした。逆に早く車に慣れ免許が補習なく安く早く取れた。
で、ＡＴ取った後、直ぐにＡＴ解除させた。３日５万円以下だったかな？忘れた。

ミッション系の教習所ですか。

変更は
可能ですが
なぜ
変更するのでしょうか？

普通免許の教習からAT“限定”への教習変更は可能です。その逆は不可です。変更には手数料がかかるかもしれませんので、受付（事務所等）で確認して下さい。
クラッチ操作やギア操作が難しいですか？20年前には女子高生でも、限定無しの普通免許を取得したものですが…

もちろん可能ですよ。
ただ、変更手数料で５千円～１万円は取られるかも。
あとATに変更しても教習が最初からにはならないから安心して。
MTで教習を消化した分をATに引き継ぐから。