いま車の免許を持っていて、これから二輪の免除をとろうと思っているのです

いま車の免許を持っていて、これから二輪の免除をとろうと思っているのですが、その時に免許証の番号は元のものが引き継がれるのですか？それとも新しい番号になるのですか？

免許証番号はそのままですよ

はい。
番号は貴方に対しての番号ですので、何の免許を追加しても初にとったときの免許番号のままですよ。