普通自動車免許と普通自動二輪免許をもっているんですが、両方とも

普通自動車免許と普通自動二輪免許をもっているんですが、両方とも初心者運転期間で、原付きにで2回捕まってしまい4点減点されてしまったのですが初心者講習に行かなければならないのですか？

原付での違反は、初心者特例の対象にはなりません。
あと減点ではなく加点です。累積4点なので、あと2点以上の違反で30日の免許停止処分の対象です。
こちらは、原付、普通自動車、自動二輪に関係ないので、どれで違反をしても、4点に足されます。

普通車と普通二輪が初心者講習の対象であり、原付は対象外だから初心者講習にはなりません。
あと2点で免停の対象にはなりますけどね。

関係ない。
免許更新時に講習を受ければ良いだけだよ。
免停なら別だがね～