自動二輪の免許を持ってるんですが今、普通自動車の免許が欲しく

自動二輪の免許を持ってるんですが今、普通自動車の免許が欲しく教習所に通ってます。仮免が受かったんですが、仮免合格したら証明書みたいのもらえないんですか？
2時間だけ学科があると言わ
れたんですが、免許持ってても2時間はやるんですか？それ受けないと交付してもらえないのでしょうか？

仮免＝修了検定です。
修了検定に合格したらあなたの場合は学科試験免除ですので、運転免許試験場から仮免許証が発行されます。教習所から運転免許試験場までが遠ければ交付まで日にちが少しかかります。
学科教習の２時限は「セット教習」と「高速教習」で、これは第二段階に入ってから必ず実施します。それを受講しないと教習所を卒業出来ません。

第1段階で4輪のみの学科があるので受けなければいけません。
それを受講しないと仮免許の取得ができません。