2008年から継続して免許を取得しており、無事故無違反ですが、先日、免許更

2008年から継続して免許を取得しており、無事故無違反ですが、先日、免許更新に行ったところ、初回講習を受けさせられ、免許期間も3年になっていました。
相談窓口で尋ねてみたところ、前回の手続きが「失効」扱いになっているとのこと。
確かに、その当時は海外在住だったため、更新期間中に更新に行くことが出来ませんでしたが、
その場合は「やむおえない理由による失効」に該当するため、帰国後すぐにパスポートを持参し海外にいたことを証明して更新したはずなのに、特に理由のない、いわゆる「うっかり失効」として手続きがされていた模様。
窓口の人には「パスポート忘れたんだろ」と言われましたが、私はパスポートを持参し、該当する入出国スタンプの脇にポストイットまで貼って行ったことを記憶しています。
自分の記憶以外に証明するものがないのですが、この場合はもう泣き寝入りするしかないのでしょうか？補足補足です。
・前回手続きは、有効期限が切れてから6か月以内でした。
・試験場の冊子には「やむを得ない理由で失効し、失効後６ヶ月以内に免許を再取得した場合には、失効前の免許期間と再取得後の免許期間は継続していたものとみなされる」とありました。

失効してどのくらいの期間が経っていたかによるのでは？
「やむを得ない事情でも失効後6ヶ月を経過した場合はゴールドを引き継ぐ事はできません。」となっています。ようは「今までの前歴はチャラよ」ってことです。従ってあなたの免許が、失効後6ヶ月を経過していたのなら初回講習であっているのかと。
もし失効後6ヶ月以内であった場合は、免許センター職員のミスじゃないですか？
失効の申請をされた場合は、端末情報だけでなく、ちゃんとその申請用紙が紙媒体で保管してあるでしょうからそちらを確認してもらいましょう。
警察とかはミスを隠したがるうえに、謙虚さが全くない（自分がやったことじゃないから知らん的な）ので、しっかり追及しましょう。おそらく自分が申請した際の書類の情報公開請求とかもできるのではないかと思います。

失効して再取得した免許証の取得年月日見てごらん？
手続きした日付になっているハズです。
有効期限も前は青の5年とかでも再取得で青の3年になっているハズです。
失効再取得は新しく免許証取得したのと同じなんです。
手続きも更新手数料じゃなくて試験料でいくらか高かったハズです。
再取得から最初の更新だから初回更新になるんですよ。

私も海外に住んでいて、免許を3回失効させましたが
たとえ、やむを得ない失効でも、免許証は最初からやり直しです
免許取得日も、免許を新たに取った日付です
その日から5年間無事故無違反でないとゴールド免許は取れません
ただ違うのは「二輪で二人乗りして良い」「初心者マーク免除」のスタンプを免許証の裏に押されるだけ

どうでしょうねえ・・公安委員会のPCに記録されてしまって
いますから、当時担当した職員が間違いを認めない限り難しい
と思います。究極は、パスポートを触った職員の指紋などから
証明できれば良いんですけど。はたして「天下御免」の警察が
そこまでやってくれるか、です。自分たちの非は認めない組織
ですから・・・。

どの程度相手側が調べたのかを
表明させることで
相手側に過失・怠慢が
あったという風にもできます。
そのせいで余計な費用がかさんだのなら
相手側を罪にも問えます。
また、その場合
専門の場所に相談すると良いでしょう。
相談窓口で相談しても
言いくるめられる場合があります。