今度自動車学校にて普通自動車二種免許取りに行こうと考えてるんですがＭ

今度 自動車学校にて 普通自動車二種免許取りに行こうと考えてるんですが
ＭＡ車で取った方が良いんですかね？
それともAT車で取った方がよいんですかね？

どちらでも、あなたの好きな方でいいと思います。

なんの仕事をやるかによります。
タクシー・ハイヤーの場合は、会社によって、ATで充分な場合もあれば、MTしか持っていない零細企業もある。
代行の場合は、顧客がMTを代行依頼することがあるため、MTがあったほうがいい。

都会ではタクシー、レンタカー、霊柩車まで100％Ａt車です
タクシーはガスエンジン車で普通二種Ａt車ですよ

普通二種は８割以上の人がATで取るそうですよ。
タクシーはほぼ全てATですから。

会社の車はMTが多いですしMTの方がいいと思いますが、会社の車が自分に関係の無いお仕事をされている、又はされるつもりならMT車は減ってきていますしATでいいと思います。