普通二輪の免許(MT)を教習で取るとき、普通二輪小型限定の免許を持っている

普通二輪の免許(MT)を教習で取るとき、普通二輪小型限定の免許を持っていると値段が安くなることはありますか？

安くなります。
普通二輪の小型限定を持っていれば、教習所では５時限の教習を受ければ、
限定解除審査に臨めます。
(教習超過＆補習は別として)
料金は教習所によってまちまちですが、５万円程度ではないでしょうか？

普通二輪小型限定をお持ちであれば小型限定の限定条件を解除することになります。これを限定解除といいますが、
教習所で限定解除するのであれば5時間の教習＋審査を受ける必要があります。審査は普通二輪の卒業検定と同じ内容をやります。審査に合格しますと「技能審査合格証明書」が交付されます。
一方普通二輪免許を持っていない人が普通二輪を取得する場合は17時間～19時間の教習＋卒業検定です。
費用は明らかに教習の時間数の少ない限定解除の方が安くなります。

そりゃ相当違うと思いますよ。