自動車中型免許の制度ができて、今後３トン車・４トン車は無くなっ

自動車中型免許の制度ができて、今後３トン車・４トン車は無くなっていきますか？

無くならないと思います。以下その理由
中型免許の影響を受けるのは制度が施工された後に免許を取った人であって、それ以前にとった人は総重量８トンまでの車に乗れます(限定中型免許)。
高速でぶっちぎってるトラックがありますが、あれはほとんど４トン車以下です。総重量８トン越えの増トン車や大型は速度リミッターをつけなければならず、時間指定されると間に合わないなんてこともあります。リミッターを切ってる大型もたまにありますが。
増トン車は４トン車よりも幅の広いタイヤをつけなければならず、小回りが利かない。また、重量制限がある道路もある。こういった場合や長尺物の納品となると必然的に４トン車の出番になります。
４トン車といっても大きさはいろいろあります。中には大型に匹敵する長さのものまであります。これは正しいかわかりませんが、この長い車両でも４トン車の料金で輸送できるのではないかと思います。(ただし積載量は大きさの割にびっくりするほど少ない)
有料道路の料金体系。８トン以下と８トン越えでは料金がかなり変わります。これは道路へ与えるダメージの違いだと思います。といっても実際には４トン車に積載以上の荷物を積んでる車がほとんどですが。(ひどい場合は積載の４倍以上なんてことも…)

現在の免許制度や道路運送法、道路環境が変わらない限り３トン車や４トン車がなくなることはないでしょう。

再来年から準中型が施行されるし、18歳から4tにも乗れるようになるから無くならんよ。

2017年から準中型免許制度が施行されるので
無くなりません。
政府は、
普通免許３．５ｔ
準中型免許７．５ｔ
ともに18歳で取得可能に制度変更、
高卒新卒者の運送業界就職を促進して、
人手不足や安全教育不足を減らす方針らしい。

高速料金や維持費の改正でもしないかぎり、免許の改正だけじゃ今とあんまり変わらないと思います。
高速料金も総重量８ｔまでだと中型車の料金で通れるのに、それ以上の大型料金になってしまいますし。
中型８ｔまでの人たちが現役でバリバリ走ってる間、まだしばらくは中途半端なサイズは増えないように思います。

無くなる事は無いでしょうね。
理由は、そう思うだけです。
日本の道路幅を考えると、４ｔや３ｔが運転しやすいし、脇道にも入りやすいと言えます。（ギリギリのところも多いですけど）
６ｔ以上になりますと、車幅が広くなるので通ることの出来る道路や入り口などが限られてしまいます。