原付免許について質問です。免許を取って一年以内に３点の違反をし

原付免許について質問です。
免許を取って一年以内に３点の違反をしてしまい再試験となって
合格したのですが 違反点数はのこっているのでしょうか？

残ってます。
初心者特例と行政処分点数制度は、本来別物です。初心者特例は、行政処分点数制度を借りているだけです。
ですから、最後の違反から1年を無事故無違反ですごさないと、点数が足されて累積6点になると違反者講習の対象だし、累積7点以上になれば、免許停止処分の対象です。