運転免許初心者(免許を取得してから1ヶ月)なんですが、12点減点さ

運転免許初心者(免許を取得してから1ヶ月)なんですが、12点減点されたら90日免停ですか?

免許取得から1ヶ月だろうと、30年だろうと、前歴0回の人が12点の違反をしたら、免停90日の処分対象です。
意見聴取という機会があって、ここで免停期間の減免が行われることが「稀に」あります。
意見聴取が終わる、もしくは意見聴取を欠席すると、処分が確定します。
長期免許停止処分者講習を受ければ、最大45日短縮されます。
これとは別に、初心者のみを対象にした特例があって、初心運転者講習の通知が来ます。初心運転者講習をばっくれると、免許取得から1年経過したころに再試験となり、高確率で不合格となり免許取消処分となります。

０点スタートなので、１２点減点されたら－１２点となって
免許停止まで１８点も余裕がでる♪
まぁ、それはおいておいて、
http://www.top.in.arena.ne.jp/menkyo03tensuuseido.html
を参照のこと。

初心運転者講習の受講
受講しなかった場合は再試験（不合格は取り消し）
受講したらまず９０日の免停処分で初心運転者の期間は９０日延びます。
（停止処分者講習を受けて短くなった場合はその日数分。）
次に一度に１２点ではなくて４点以上を２回に分けて加点された場合は、再試験でそのまま免許取り消しです。
再試験はまず合格できません。

＞12点減点されたら90日免停ですか?
そのとおりになります
免停処分終了時は
新しく、前歴１回、０点からの始まりになります

講習を受けると短縮されることがありますよ。

日本の免許制度では点数は「加点方式」なので、減点されている限りは何の罪にも問われませんので、ご安心ください。
ところで…本来加点されるところを「減点」してもらうのに、どの様な手段を使ったのかを、是非とも教えてください。
（「賄賂に大金を払った」「警察庁長官に頼んだ」くらいは、やっているんですよね？）