２種免許なんですけど、試験場一発試験で普通２種と普通２種(AT限定)では

２種免許なんですけど、試験場一発試験で普通２種と普通２種(AT限定)では、難易度にどのくらいの差がありますか？

大差 ないと、思います。
私も、１発試験 行きましたが、実地試験で 落ちて、「セコイ事は、やめましょう！」と、言われて さらに 「一人目の、受験者は、あそこの、教習所で １５万円 払っても、落ちるん ですよ」と、言われた

ＡＴのほうが簡単です。
ＭＴ操作でくだらない減点を食らう方がたくさん居ます。
普段ＭＴに乗ってるからってＭＴで受験してる人も居るようですが、減点のオンパレードです。普段のＭＴ操作ではとても受かりません。
ＡＴは、余計な減点が無いのでその分いいですよ。
ＭＴが欲しいなら後日解除すればいいです。普通二種ＡＴ限定持ってれば試験は路上試験は無く、場内を軽く走るだけで済むんで楽勝です。

難易度にはあまり差がないと思われますが、各都道府県で使用する車両によっては、ＭＴ、ＡＴ車の違いが若干あるような噂を教習所の先生から聞きました。というのは、ある県では、ＭＴの試験車はＡＴの試験車に比べて、ホイールベースがちょっと長くて、縦列駐車の枠にぎりぎりになるらしく、ここで若干の差をつけているのではないかという話でした。いじれにせよ、特殊な事情がない限り、普段乗りなれている仕様、または、今ではＡＴ車が当たり前になっている世の中なので、ＡＴから初めて、あとで限定解除の審査を受けてＭＴもできるようにするのもいいのではないでしょうか？

最近は素人に二種免許を取らせて ナビ付きのＡＴ車で都内を走らせる全寮制のタクシー会社があります。
とりあえず二種・・・という時に やはり限定免許は取りやすいんでしょう。
たまに 飲みに行ってタクシーで帰りますが まだまだマニュアルも多いですね。
酔っていてもＡＴは気持ち悪いです。
最近はＣＶＴの方が違和感なくなってきました。
マニュアルで気持ち良く走ってくれるドライバーさんにはチップを上げたくなります。
限定免許を取る人はマニュアルが苦手な人ですから 苦手なマニュアルで二種を受けると思えば難易度も想像つくかと思います。

タクシーは、ほぼAT
って言っている人がいますが、地域によって、です。
新たに車を買うことができる会社であればいいですが、
そうでなければ、普通に100万キロ超えている車を走らせている会社もあるし、
MTしかない会社もある。

私は路線バスを運転していますが、営業所のバス30台中、ATは1台だけです。

質問から普通車MTの運転も知ってると考えられるので、
「MTとATで試験を受ける難易度の差」と答えれば分かるでしょう。
MTに慣れていればなんでもないし、ATばかりなら厳しいかもしれません。
ちなみに、普通二種を受ける人の８割以上が「AT限定」で受けます。
タクシーはほぼ全てATです。
MTで受ける意味があるのか考えましょう。