合宿で免許とるんですが、オートマで取ろうと思っているのですがマ

合宿で免許とるんですが、オートマで取ろうと思っているのですがマニュアルでとるメリットありますか？

メリットというか車の理屈を体で覚えるならマニュアルですね。
あくまでオートマ（AT）はマニュアルから生まれたものですからね。
自分は限定なしで取っていますがスポーツモード付きのATに乗っています。
しかし免許を取って最初に所有して乗ったのがマニュアルでそのおかげで今でもマニュアル車でも普通に運転できます。
マニュアルで取っても最初に乗り続ける車がATだとMTは運転できなくなります。
免許を取って乗る車が決まっていてそれにマニュアルしかない（今はほとんどないですが）というようなケース以外ではほとんどマニュアルで取るメリットは少ないと思います。
限定がなくてもATしか運転できない人は多いです。
実際にMTも運転できる人も少なくなっていますから場合によるとマニュアル車が運転できるのはカッコよく映る時代もくるかもしれませんね。

日本国内で自家用車しか運転しないんだったらAT限定で十分だよ。

ＡＴ＝退屈＝長距離出張等の運転が苦痛
ＭＴ＝面白い＝長距離乗っても楽しい

軽トラとか運転しないんだったらあまりメリットないよ、実際MTの車なんてほとんど無いし、必要だったら限定解除すればいい。

MTの免許取っていていいことはAT限定免許よりはるかにたくさんあります。まず普通免許で乗れる範囲の車ならどんな車でも運転できます。企業にはまだまだMTの営業車多いので、就活のときは全く困らないし、例えば企業のライトバンや2トントラックとか軽トラ等がMTでも乗れます。
趣味だけの範囲ですがスポーツカーやクラシックカーはMTが多いので運転できるし、ATのスポーツカーもありますけどMTの方が運転していて断然楽しいですよ。
あとはフランス、ドイツ、イタリアなどのヨーロッパに行くとMTがほとんどでAT車はほとんどありません。それどころか五体満足な若い男だろうが若い女だろうがAT限定免許でAT車しか運転できないというと手足や脳に障害を持っているか、びっこを引いているのかなどの身体障害者と思われものすごく笑われて馬鹿にされるか、オカマ扱いされます。
ですので質問者様が若い男だろうが若い女でもAT限定免許なんて本来身体障害者が取るような免許を取らずに、本来健常者が取るMT（限定なし）の免許取って下さい。

とる事自体、メリットですけど。