普通車の教習の場合オートマとマニュアルで迷うならマニュアルを受ければ無難です

普通車の教習の場合オートマとマニュアルで迷うならマニュアルを受ければ無難ですか？免許証に限定と書かれるのが嫌で、また学科、技能はオートマの人に比べどのくらい増えますか？

私のとった時（12年も前ですが）は、技能が２回増えたくらいでしたよ。
友達（AT限）とだいたい一緒に教習所行っていましたけど、本試験も一緒に行けました。

Ａt車限定免許が施行される前に普通免許を取得した人はＡt車限定免許も含む、中型車は８トン以下に限るという限定条件が更新した新しい免許証に印字されていますよ

どこの高校に行くか迷った時に、名前さえ書けば入れる底辺校に行くか、取り敢えず自分の実力に見合った高校に行くか悩むまでもないでしょう。

うん、「免許に限定と書かれるのがイヤ」、それも立派な理由と思いますよ。
実際にMTが運転できなきゃ困るってシーンはなくとも、「一度でもMTをそれなりに乗りこなせるようになった人間」と、「そうでない人間」との間には「越えられない壁」があるからね。
ひょっとしたら、MTにハマってしまうかもしれませんし。
「限定」、自分で可能性の一つを消してしまうも同然、って見方も出来てしまうわけです。
増える時数と金額については既回答にお任せします。
それほどびっくりするほど増えるわけじゃないからね。あとから限定解除する方が、よほど時間と労力はかかるんでないかな。

普段車を使う程度ならＡＴだけで十分だとは思います。
今時マニュアルは軽トラや少し特殊なものくらいですし、技能がＡＴに比べて少し増えるくらいですが、料金はＡＴよりもかかります。
あとは操作がめんどくさい。
子供が出来たときとか、操作が面倒で運転しながら面倒みたりするのが困難なので仕事で必要がない限りはＡＴ免許で十分かと。
マニュアルはエンストなどがあるから難しいみたいで、私の友達はＡＴにしとけばよかったと結構つらそうでした。

学科教習は、限定無しもAT限定も26時間（第一段階10時間、第二段階16時間）あります。
技能教習は、限定無し34時間（第一段階15時間、第二段階19時間）、AT限定31時間（第一段階12時間、第二段階19時間）です。（※ただし、いずれも規定時間ですので、技量不足なら教習時間の延長があり得ます）