今年の5月に原付免許を取得し、無違反のまま同年7月に普通自動車免許を取得し

今年の5月に原付免許を取得し、無違反のまま同年7月に普通自動車免許を取得しました。
そしてつい先日自動車で27キロのスピード超過で3点の加点、次にちょっとした違反でも講習を受けねばならない状況です。
そこで一年自動車に乗らず、原付のみでの生活に戻ろうかと考えています。
この状況では、原付での違反点数はまだゼロであると判断して良いのでしょうか？
http://www.keishicho.metro.tokyo.jp/menkyo/menkyo/kousyuu/kousyuu06.htm
にある『免許種別に対応する車種による違反点数の合計が、3点以上(1回で3点の場合は4点以上)』と言う記述は普通自動車の下位免許の原付免許にも適応されるのでしょうか。

普通自動車免許を取得した時点で、原付の初心者期間は終了しています。
よって、原付での違反はすでに初心者特例の対象外です。
仮に今後、普通免許取得1年以内に原付で捕まっても、初心者講習の対象になりません。
以下は余談ですが…
しかし、気を付けて運転してれば、早々は捕まらんと思います。著しい速度超過はしない、止まるべきところではしっかり止まる、走行中の携帯着信は無視する、信号機にない横断歩道手前では、アクセルを離して横断歩行者がいれば停まれるようにする、このくらい気を付ければ、大丈夫と思います。
もちろん、点数制度の本来の使い方である行政処分点数は、3点に足されてしまいますから、免停や違反者講習に近づきますから注意してください。

違反点数の原理原則は、
・車種ごとの違反点数は存在しない
です。
以下長くなりますが、その説明となります。
「行政処分」と呼ばれる、
免許の停止処分や取り消し処分は、
車種を問わず全違反点数の合計点で処分が決定し、
保有している全運転資格が、同時に停止や
取り消し処分を受けるということになります。
ただし、例外が１つだけあります。
それは上記の行政処分とは異なる処分で、
「初心者特例制度」と呼ばれる初心者限定の処分です。
こちらのルールは下記となります。
①免許取得１年以内は初心者期間
②初心者期間中に上位免許を取得した場合、
それまでの初心者期間は終了。
あらたに取得した上位免許の初心者期間１年がスタート
③初心者期間中に、初心者となる車両での違反が
３～４点になると、初心者となる車両(免許）の
初心運転講習の対象となる
④講習を受講しない場合は再試験となり、
再試験を受験しない、不合格の場合は、
初心者とされる免許のみ取り消される
上記のように、初心者講習というものは、
・初心者限定の処分
・初心者とされる車両での違反点だけで処分が決定
・処分対象となる免許も初心者とされる免許のみ
という処分です。
・・で、免停とか免許取消となる行政処分と、
初心者講習に代表される処分は別モノであり、
初心者期間中は、異なる２つの処分の対象に
なっているということです。
質問者さんに関しては、
現在はあくまでも車（普通免許）の初心者期間であり、
期間は来年７月までです。
この車の初心者期間終了まで、車の違反を１つでも追加すると、
車の違反点が４点を超え、車の初心運転講習の対象となります。
もし講習の対象になり、講習を受講しない→再試験にも
合格しない場合は、普通免許は取り消され、
手元には原付免許だけが残ります。
よって、この間原付でいくら違反をしようが、
原付の初心者期間ではないので、初心者講習の対象にはなりません。
ですが、行政処分は全違反点の合計で処分が決定します。
質問者さんの場合は、下記が処分基準です。
===========
6点：30日免停
9点：60日免停
12点：90日免停
15点：免許取消
===========
現在質問者さんの違反点合計は３点です。
よって、どんな車両であろうと、あと３点の違反が追加されると、
全免許が３０日の停止処分になるということです。
よって今後、
・車の違反を１点追加
・原付での違反を２点追加
という事になった場合、
・車の違反点が４点となり車の初心者講習
・全違反点が６点となり全免許３０日停止処分
というダブルの処分を受けることになります。
長くなりましたが、以上です。
とにもかくにも、安全運転をされてくださいね。

原付の方が、違反を犯しやすいから、辞めた方が良いんじゃない？

いやいや、もう速度違反で３点なら
受講対象でしょう。
３点以上とは３点も含まれますから。

初心者講習に関しては原付免許は原付での違反、普通免許は普通車での違反になるので原付としてはゼロと判断してもいいと思います。
ただし加点されてなくてもですが今後違反はしないように心掛けるべきではあると思います。
ただしあくまでも初心者講習では・・の話なので累計点数６点以上で停止とは別なのでお間違いのないよう・・。

原付免許においては、その後に普通免許を取得した時点で下位免許である原付免許の初心運転者期間が終了してます。
よって原付での違反をしても初心者の点数としては加算されません。あくまで現在は普通免許つまり、自動車での違反が初心者の点数の対象です。
現在は普通自動車免許が初心運転者期間であり、質問者さんが言う様に自動車で3点の違反ですから、初心運転者期間にあと自動車で1点以上の違反をすると初心者講習の対象になります。
質問者さんは現在、累積点数(通常の違反点数)においても3点なので、あと3点以上の違反で免停の対象になります。こちらは原付、自動車どちらにおいても違反をすれば点数が累積されます。ただ、累積点数においてはスピード違反の翌日から1年間無事故無違反で過ごせば違反点数は0点に戻ります。