何にも免許を持たないで、普通自動車の免許を取得した場合免許の欄に普通と原付

何にも免許を持たないで、普通自動車の免許を取得した場合免許の欄に普通と原付二つ記入してもらえますかね？

付きません。上位免許を先に取得してしまうと、その免許で運転できる車両の免種には記載されません。
ですから、普通自動車免許を取得した後に、原付や小特を入れようとしても無理なのです。

免許は取得した物を記載するのです。
普通免許取得しても原付免許など取得などしていません。
原付の記載などしません。

そんなことありません。一つですよ。

普通免許を取得しても、免許の種類欄に｢原付｣はつきません。普通免許で原動機付自転車に乗れるというだけで原付免許を取得している訳ではありません。
免許の種類欄に｢原付｣をつけるには、普通免許取得前に原付免許の取得手続を踏まなければ｢原付｣をつける事は出来ません。
なぜなら、上位免許である普通免許を取得してしまうと、下位免許は受験を拒否されるので、下位免許を免許の種類欄に併記させる事が出来ません。
よって、原付免許の取得手続を踏まず、直接普通免許を取得しても｢普通｣と｢原付｣2つを同時に併記させる事は出来ません。

普通自動車、原付、小型特殊の三種が表示されるかという質問なら分かりますが、何故小型特を抜いた二種なのでしょう？

それはムリってもの。
そのために、小型特種、原付を、いちいち取得する人も居るくらいです。