平成25年にスピード違反で90日の免停になりました。その後免停明けて

平成25年にスピード違反で90日の免停になりました。
その後免停明けてから一年以内にシートベルトで違反しました。
その後シートベルト違反日から2年間無事故無違反でしたが、先日2点の違反を
しました。
この場合は2年間無事故無違反で3点以下の違反は違反日以降3ヶ月無違反で0点に戻るというケースは適用されるでしょうか？

はい。適用されます。免許経歴が2年以上あり、2年間無事故無違反の期間があれば、その違反から3ヵ月無事故無違反で過ごせばその違反点数は0点に戻ります。

2年特例の対象です。
3ヶ月間を無事故無違反で乗り切ってください。

スパルタバコ違反なら仕方がないですね